Podișul Nord Dobrogean cuprinde un număr 21 de arii naturale protejate, încadrate în următoarele trei categorii:

  • 4 situri Natura 2000: ROSCI0201 Podișul Nord Dobrogean (fără partea care se suprapune cu ROSPA0073 și partea care nu se suprapune situată la nord de ROSPA0091), ROSPA0091 Pădurea Babadag, ROSPA0100 Stepa Casimcea, ROSPA0040 Dunărea Veche-Brațul Măcin (partea care se suprapune cu ROSCI0201);
  • 1 sit Ramsar (zonă umedă de importanță internațională): ROSPA0040 Dunărea Veche-Brațul Măcin (partea care se suprapune cu ROSCI0201)
  • 17 rezervații naturale: IV. 49 Pădurea Babadag – Codru, IV.51 Muchiile Cernei – Iaila, IV.52 Beidaud, IV.53 Valea Mahomencea, IV.54 Dealul Ghiunghiurmez, IV.62 Valea Ostrovului, IV.63 Uspenia, IV.65 Casimcea, IV.66 Colțanii Mari, IV.67 Peceneaga, IV.68 Măgurele, IV.69 Războieni, 2.765 Dealul Bujorului, 2.766 Rezervația de liliac Valea Oilor, 2.767 Rezervația de liliac Fântâna Mare, 2.768 Vârful Secarul și 2.769 Korum Tarla.